Em 1992, durante uma conferência missionária na Assembleia de Deus em Belenzinho (SP), o então diácono Milton Novais recebeu uma mensagem profética através do Pr. Gesiel Gomes, confirmando seu chamado para a obra missionária — a primeira de várias com o mesmo propósito.

Entre 1992 e 2003, cooperou com a Assembleia de Deus em Guarulhos (SP), período em que estudou teologia na FAESP, dirigiu igrejas e amadureceu sua convicção ministerial.

Em 2002, foi convidado pelo Pr. José Oscar Pereira para realizar missão em Portugal. No início de 2003, viajou ao país, mas precisou retornar por falta de visto. Contudo, em 13/06/2003, de forma milagrosa, recebeu no consulado português em São Paulo o visto de residência, retornando a Portugal em 26/06/2003 — marco do início do Ministério da Missão Transcultural.

O primeiro culto ocorreu em 08/02/2004, numa sala cedida pela Igreja Batista Peniel, em Quarteira. O segundo, no Hotel Dom José, e o terceiro, em instalações alugadas de 120 m². O crescimento foi rápido, chegando a cerca de 100 pessoas e, em 10/07/2005, a igreja mudou-se para um salão de 150 m², que logo se tornou pequeno.

Em abril de 2006, a igreja transferiu-se para a atual sede, com quase 500 m², na Rua José Coelho Júnior, Quarteira. Com o aumento de membros, surgiram novas necessidades voltadas ao ensino teológico e às ações sociais.

Até hoje, já foram realizados cerca de 15 batismos na sede e 30 nas congregações na América, Europa e África totalizando aproximadamente +1000 membros e congregados.

A IADMT conta com diversos departamentos ativos: Escolas (EPO e EETAD), Juventude e Adolescentes, Departamento Feminino, Secretaria de Missões e o Projeto Pérola (evangelismo e ação social).